・「西鹿児島」から「鹿児島中央」に駅名を変更
・九州新幹線が開業し、新八代〜鹿児島中央に特急「つばめ」を運転
・これまでの787系特急つばめは、門司港・小倉・博多・熊本〜新八代を結ぶL特急「リレーつばめ」に移行
・特急「ドリームつばめ」は廃止とし、同時間帯に博多〜熊本のL特急「有明」を設定
・寝台特急「なは」は熊本〜西鹿児島を廃止し、運転区間を新大阪〜熊本に変更
・鹿児島本線の八代〜川内は、第3セクターの肥薩おれんじ鉄道に移管
・特急「あそ」と急行「くまがわ」を統合し、特急「くまがわ」と「九州横断特急」に再編
・これまでキハ40系やキハ31系の一般車で運転されていたJR肥薩線の「いさぶろう」「しんぺい」に、キハ40系改造車を投入
・吉松〜隼人〜鹿児島中央に特急「はやとの風」がデビュー
・指宿枕崎線の快速「なのはな」にキハ200系改造車を投入し、一部を特別快速「なのはなDX」にグレードアップ
・特急「ゆふ」に元シーボルト車1編成を投入し、一部を特急「ゆふDX」にグレードアップ
・霧島神宮・国分〜鹿児島中央にL特急「きりしま」を増発